Pázmaňova cirkevná kariéra sa odohrávala na pozadí vážnej krízy uhorskej katolíckej cirkvi. Na začiatku svojho profesionálneho života pôsobil v Šali a v Košiciach (1601 – 1603) a na dvore arcibiskupa Františka Forgáča, ktorý bol jeho mentorom a spovedníkom. Medzi osobné charakterové vlastnosti Petra Pázmaňa patrila energickosť a extroverzia. Premietali sa aj do programového úsilia o zlepšenie pomerov v uhorskej katolíckej cirkvi, ktoré vychádzalo zo záverov Tridentského koncilu a sústredilo sa na vzdelávanie kňazov, dodržiavanie celibátu, liturgickú reformu a navrátenie majetkov cirkvi. V tejto línii sa nieslo pôsobenie Pázmaňa v najvyšších cirkevných funkciách ostrihomského arcibiskupa a kardinála. Pázmaňovu činnosť na poli vzdelávania charakterizovalo zakladanie katolíckych inštitúcií. Stál pri založení jezuitského gymnázia v Bratislave, v roku 1624 založil vo Viedni seminár pre uhorských študentov (Pázmaneum), v Trnave burzu sv. Vojtecha pre chudobných študentov, šľachtický konvikt a kňazský seminár. Najvýznamnejším zakladateľským činom bolo založenie Trnavskej univerzity v roku 1635. Podľa vzoru univerzity v Štajerskom Hradci išlo o dvojfakultnú univerzitu (filozofická a teologická fakulta), určenú na vzdelávanie budúcich kňazov a laikov, ktorú spravovali jezuiti. V ideovej rovine, ale s konkrétnym plánom na hospodárske zabezpečenie, pripravoval Pázmaň pôdu pre založenie Košickej univerzity.